В 2000 году истории космоса лидеры разных планет объединились в конгресс, ставший известным как Галактическая Федерация, с целью создать справедливую и структурированную Вселенную, жители которой могли бы развиваться и процветать. Под предводительством новой федерации, жители разных планет начали завязывать между собой отношения, и начала создаваться новая цивилизация. Были созданы новые типы транспортировки, такие как межзвёздные корабли, и социум процветал, используя новые технологии. В это время Земля вошла в контакт с представителями тех миров, и также получила доступ к их продвинутым технологиям.
Казалось, что в новом социуме всё хорошо. Однако, группы, известные как "космические пираты", стали атаковать мирные космические корабли, с целью получения ценных вещей, вселяя страх в сердца людей. Для того, чтобы противостоять этим атакам, Федеральное Бюро создало новые боевые силы, известные как "Космическая полиция".
Но воевать с пиратами было очень тяжело, так как их было трудно преследовать в открытом космосе, даже с использованием продвинутых технологий Федерации. И тогда Федерация начала нанимать группы смелых бойцов, получивших название "Космических охотников", которые преследовали пиратов, используя лучшее оружие из имеющегося. За уничтожение пиратов Федерация давала им большие награды.
Сейчас идёт 20X5 год история космоса, и Вселенная продолжает развиваться, хотя бои всё ещё идут по всему космосу. Недавно пришло сообщение, в котором говорится, что по космосу летит корабль с капсулой, содержащей неизвестную форму жизни с пустынной планеты SR388. Эта планета была атакована и захвачена космическими пиратами. В настоящий момент исследования об этой форме жизни не закончены и находятся в замороженном состоянии, но уже известно, что облучение экземпляров бета-лучами в течение 24 часов заставляет их размножаться. Некоторые учёные верят, что эта форма жизни могла быть результатом уничтожения жизни на SR388. Учёные решили назвать это существо "метроид". Простая мысль о том, что это существо находится в руках космических пиратов, повергала в ужас. Если пираты узнают, как это существо размножается, то они смогут использовать его в качестве мощного оружия. Федерация пытается найти пиратов. В результате было обнаружено, что их база находится глубоко внутри планеты Зебес.
Пока шла война, пиратам удалось воспроизвести деление метроидов. Остался единственный вариант — проникнуть на Зебес, и уничтожить лидера Космических Пиратов, "Материнский мозг". Трудность состояла в том, что планета Зебес представляла собой природную крепость в виде огромного лабиринта. По всему лабиринту находились разнообразные ловушки и союзники пиратов. Для выполнения миссии требуется особенный представитель, и федерация выбрала для неё самого сильного изо всей организации Космических Охотников — Самус Аран. Самус, хотя и была человеком, имела кибернетический костюм, соединённый с её телом (в некоторых местах — хирургическим путём), что давало ей огромный источник силы. Она завершила множество миссий, казавшихся невозможными.
Metroid стал одной из самых первых консольных видеоигр с существенно нелинейным игровым процессом, являвшимся смесью приключения и платформенной стрелялки. В начале игры Самус располагает весьма ограниченным набором улучшений и вынуждена исследовать обширный мир игры, чтобы получить доступ в новые или ранее недоступные районы. Поскольку весь игровой мир отображается одним многоэкранным "уровнем", в нем есть области, в которые опытные игроки могут попасть до того, как это предполагалось сюжетом или разработчиками.